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doi:10.22028/D291-39764
Titel: | Pitfalls of using sequence databases for heterologous expression studies : a technical review |
VerfasserIn: | Maxeiner, Stephan Krasteva-Christ, Gabriela Althaus, Mike |
Sprache: | Englisch |
Titel: | The Journal of Physiology |
Bandnummer: | 601 |
Heft: | 9 |
Seiten: | 1611-1623 |
Verlag/Plattform: | Wiley |
Erscheinungsjahr: | 2023 |
Freie Schlagwörter: | gene expression genomic data rodents sequencing |
DDC-Sachgruppe: | 610 Medizin, Gesundheit |
Dokumenttyp: | Journalartikel / Zeitschriftenartikel |
Abstract: | Synthesis of DNA fragments based on gene sequences that are available in public resources has become an efficient and affordable method that has gradually replaced traditional cloning efforts such as PCR cloning from cDNA. However, database entries based on genome sequencing results are prone to errors which can lead to false sequence information and, ultimately, errors in functional characterisation of proteins such as ion channels and transporters in heterologous expression systems. We have identified five common problems that repeatedly appear in public resources: (1) Not every gene has yet been annotated; (2) not all gene annotations are necessarily correct; (3) transcripts may contain automated corrections; (4) there are mismatches between gene, mRNA and protein sequences; and (5) splicing patterns often lack experimental validation. This technical review highlights and provides a strategy to bypass these issues in order to avoid critical mistakes that could impact future studies of any gene/protein of interest in heterologous expression systems. |
DOI der Erstveröffentlichung: | 10.1113/JP284066 |
URL der Erstveröffentlichung: | https://physoc.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1113/JP284066 |
Link zu diesem Datensatz: | urn:nbn:de:bsz:291--ds-397640 hdl:20.500.11880/35828 http://dx.doi.org/10.22028/D291-39764 |
ISSN: | 1469-7793 0022-3751 |
Datum des Eintrags: | 15-Mai-2023 |
Bezeichnung des in Beziehung stehenden Objekts: | Supporting Information |
In Beziehung stehendes Objekt: | https://physoc.onlinelibrary.wiley.com/action/downloadSupplement?doi=10.1113%2FJP284066&file=tjp15455-sup-0001-PeerReview.pdf https://physoc.onlinelibrary.wiley.com/action/downloadSupplement?doi=10.1113%2FJP284066&file=tjp15455-sup-0002-SupMat.pdf |
Fakultät: | M - Medizinische Fakultät |
Fachrichtung: | M - Anatomie und Zellbiologie |
Professur: | M - Prof. Dr. Gabriela Krasteva-Christ |
Sammlung: | SciDok - Der Wissenschaftsserver der Universität des Saarlandes |
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Datei | Beschreibung | Größe | Format | |
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